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通用結(jié)構(gòu)數(shù)據(jù)庫包括PubChem（1.16億化合物）、ChemSpider（1.28億化合物）、ZINC（7.5億化合物）和生物學興趣化學實體（ChEBI；超過46,477種化合物），這些都是可自由獲取的化學化合物數(shù)據(jù)庫。

PubChem（https://pubchem.ncbi.nlm.nih.gov/) 是一個全球性的分子聚合器，擁有驚人的1.16億種化合物結(jié)構(gòu)。

ChemSpider （https://www.chemspider.com/）

則作為化學聚合器提供有關(guān)化合物名稱、自然屬性、二維和三維結(jié)構(gòu)等基本信息。這兩個數(shù)據(jù)庫通常被用于成分識別。

ChEBI （https://www.ebi.ac.uk/chebi/aboutChebiForward.do）是一個基于網(wǎng)絡(luò)的數(shù)據(jù)庫，存儲自然和合成生化化合物以及其他形式的化合物。

ZINC （https://zinc.docking.org/）整合了包括ChEMBL、DrugBank等在內(nèi)的其他數(shù)據(jù)庫，使其能夠連接具有生物靶標、代謝途徑和生物活性小分子的化合物，從而不僅僅是一個以化合物為中心的數(shù)據(jù)庫。

默克索引（Merck Index，https://merckindex.rsc.org/）在線（1610種化合物）和化學結(jié)構(gòu)查找服務(wù)（CSLS；7,400萬分子）包含了大量化學品。默克索引是生命科學的百科全書，可以作為半合成化合物搜索的數(shù)據(jù)庫。CSLS專門設(shè)計用于化學結(jié)構(gòu)搜索，有助于快速檢查結(jié)構(gòu)是否出現(xiàn)在100多個化學數(shù)據(jù)庫中。

COlleCtion of Open Natural prodUcTs（COCONUT，https://coconut.naturalproducts.net/）數(shù)據(jù)庫基于53個在線化學資源構(gòu)建，最終擁有超過400,000條天然產(chǎn)品記錄，具有高分子多樣性和結(jié)構(gòu)復雜性。它已成為目前最大的自然資源化學成分免費可訪問數(shù)據(jù)庫。

MetaboLights（包含27,883種化合物, https://www.ebi.ac.uk/metabolights/）和The BiGG Models知識庫（BiGG; 包含9,088種代謝物，http://bigg.ucsd.edu/models）是開放獲取的有機體代謝物數(shù)據(jù)庫。這兩個數(shù)據(jù)庫訪問網(wǎng)速較慢，需要耐心等待。

NaprAlert（約200,000種化合物，https://pharmacognosy.pharmacy.uic.edu/napralert/）收集了來自參考文獻的手工策劃的天然產(chǎn)品信息，并附有元數(shù)據(jù)，但它對研究者的訪問權(quán)限有限。

TCM database@Taiwan (China)自2011年首次發(fā)布以來，該數(shù)據(jù)庫在中醫(yī)社區(qū)中得到了廣泛傳播和使用。它致力于收集大量的中醫(yī)數(shù)據(jù)，包括來自草藥、動物產(chǎn)品和礦物的成分，具有虛擬篩選和分子對接模擬的功能（http://tcm.cmu.edu.tw/）。

SWEETLEAD (4442結(jié)構(gòu)，https://simtk.org/projects/sweetlead)：具有類似功能，還顯示了關(guān)于已知化合物（如全球批準的藥物、非法藥物和傳統(tǒng)草藥分離物）的精確化學結(jié)構(gòu)的詳細且高度整理的數(shù)據(jù)。

Phytochemdb (8093植化學成分，[http://iyfbodn.com/) 和 Medherb（https://medherb.com/）：特點是手工收集植物成分。后者還提供有關(guān)基因、蛋白質(zhì)、植物種類和藥用重要草藥的現(xiàn)有文獻的信息。

Seaweed Metabolite Database (SWMD; 2110化合物，https://swmd.co.in/)：提供關(guān)于海藻衍生化合物的信息。

地理分布特征數(shù)據(jù)庫：如亞洲的 TM-MC (34,108化合物，https://tm-mc.kr/)，旨在整理列在中國、韓國和日本藥典中的東北亞傳統(tǒng)藥物。

非洲的 African Natural Products Database (ANPDB; 6515化合物，https://african-compounds.org/anpdb/)，合并了北非自然產(chǎn)品數(shù)據(jù)庫和東非自然產(chǎn)品數(shù)據(jù)庫，包含來自非洲各地區(qū)本地植物、微生物、動物到海洋源的自然成分。

GlyTouCan（https://glytoucan.org/）：這是一個國際糖庫，主要包括多糖的結(jié)構(gòu)、序列和成分信息。此數(shù)據(jù)庫作為一個廣泛的糖類信息庫，為研究多糖提供了基礎(chǔ)數(shù)據(jù)支持。

Complex Carbohydrates Magnetic Resonance Database (https://glycodata.org/ccmrd/)：這是第一個固態(tài)NMR數(shù)據(jù)庫，專為揭示不溶性碳水化合物的復雜結(jié)構(gòu)而設(shè)計。

UniCarb-DB (1118 個結(jié)構(gòu), 1588 個譜圖，https://unicarb-db.expasy.org/)：包括糖片段的MS譜數(shù)據(jù)，為多糖的質(zhì)譜分析提供詳細的參考。

Lipid Metabolites and Pathways Strategy (LIPID MAPS; 48,352脂質(zhì)結(jié)構(gòu)，https://lipidmaps.org/about/information)：這是一個全面的脂質(zhì)數(shù)據(jù)庫，包括化學結(jié)構(gòu)和生物注釋。它提供了一種命名和分類脂質(zhì)的方法，已成為廣泛接受的標準。此外，LIPID MAPS還提供大量的軟件工具和教育資源，以及用于編目和識別不同級別脂質(zhì)的數(shù)據(jù)庫。Shi等人建立了一種整合的脂質(zhì)組學分析策略，該策略結(jié)合了自動化MS數(shù)據(jù)庫搜索（LIPID MAPS和HMDB）和兩個質(zhì)譜平臺（UHPSFC/QTOF-MS和UHPSFC/IMS-QTOF-MS），實現(xiàn)了三種同屬人參物種天然脂質(zhì)的高通量分析。

LipidIMMS Analyzer（http://lipid4danalyzer.zhulab.cn/）：LipidIMMS Analyzer是一個專門從事自動數(shù)據(jù)處理和脂質(zhì)識別的開源網(wǎng)站，具備處理基于質(zhì)譜和多維信息的多種數(shù)據(jù)類型的能力，包括精確質(zhì)量數(shù)、保留時間、碰撞橫截面積和二級質(zhì)譜。2021年，該數(shù)據(jù)庫升級為Lipid4DAnalyzer，支持來自IM-MS和非IM-MS儀器的脂質(zhì)組學分析。